Der chinesische Kaiser Qianlong erließ 1792 eine Reihe von Gesetzen für die effektivere Regierung Tibets. Eines dieser Gesetze änderte den Wahlmodus für den Dalai Lama. Von nun an sollte ein neuer Dalai Lama ausgelost werden. Dazu sollten alle Kinder, die eine mögliche Reinkarnation des Dalai Lamas sein könnten, gesucht werden um dann aus ihnen den neuen Dalai Lama auszulosen.

Da Lungtok Gyatso, als man ihn fand, so beeindruckende Kenntnis vom Leben des vorherigen Dalai Lamas besaß, bat man den Kaiser dieses mal eine Ausnahme zu machen. Dieser Bitte gab der Kaiser nach und so bestieg Lungtok Gyatso am 10. November 1808 den Thron im Potala-Palast.

Am 26. März 1815 starb Lungtok Gyatso im Alter von neun Jahren vermutlich an einer Lungenentzündung. Zu dieser Zeit bestand ein Konflikt über die Regierungsgewalt in Tibet zwischen dem Chinesischen Kaiser und der tibetischen Regierung von Ganden Phodrang (tib.: dga' ldan pho brang).